Năm 2005, trong một phiên họp toàn thể của Hội đồng nhân dân tối cao ông đã đã phát biểu về việc giới thiệu lại hệ thống phân phối công cộng. Ông đề xuất một giải pháp hành chính đối với việc phân phối lương thực và coi đó là quan điểm của đảng: "Bằng mọi cách, chúng ta phải đạt được mục tiêu sản lượng ngũ cốc năm nay bằng cách thực hiện triệt để chủ trương cách mạng nông nghiệp của đảng bằng cách tập trung toàn lực và huy động toàn lực cho mặt trận nông nghiệp".[5]

Ngày 11 tháng 4 năm 2007, Korean Central News Agency đưa tin rằng trong kỳ họp thứ 5 của Hội đồng Nhân dân Tối cao khóa 11 của CHDCND Triều Tiên, Pak Pong-ju bị "miễn nhiệm ... chức thủ tướng" và Kim Yong-il được bầu làm thủ tướng mới.[6] Ông đã không được xuất hiện trước công chúng kể từ tháng 5 năm 2006. Người ta đồn rằng ông đã bị cách chức vì lạm dụng quỹ dầu mỏ để sử dụng cho lĩnh vực nông nghiệp,[7] hoặc ông quá tập trung vào các đề xuất phát triển kinh tế từ Trung Quốc, thay vì những ý tưởng cây nhà lá vườn.[8]

Với tư cách là Thủ tướng, Pak Pong-ju là người đứng đầu chính phủ CHDCND Triều Tiên, đồng thời thành lập ban lãnh đạo hành pháp cao nhất của CHDCND Triều Tiên cùng với các quan chức hành pháp khác. Nhánh khác của chính phủ hành pháp là Ủy ban Quốc phòng Triều Tiên, do Chủ tịch Ủy ban Quốc phòng Kim Jong-un đứng đầu. Với tư cách là thủ tướng, ông chịu trách nhiệm tổ chức nội các và bổ nhiệm các bộ trưởng và phó thủ tướng sau khi được Hội đồng nhân dân tối cao thông qua.[9] Trước khi trở thành Thủ tướng, ông từng là Bộ trưởng Công nghiệp Hóa chất. Ông là thành viên của ủy ban đứng đầu cơ quan hành pháp của chính phủ Triều Tiên, cùng với Kim Jong-un và Chủ tịch Đoàn Chủ tịch SPA Kim Yong-nam. Trên danh nghĩa, mỗi người nắm giữ một phần ba quyền lực do một tổng thống nắm giữ trong hầu hết các hệ thống tổng thống. Pak Pong-ju xử lý các vấn đề đối nội, Kim Yong-nam tiến hành quan hệ đối ngoại và Kim Jong-un chỉ huy các lực lượng vũ trang.Ngày 23 tháng 8 năm 2010, The New York Times đưa tin rằng Pak Pong-ju " đã xuất hiện trở lại tại một sự kiện nhà nước ở thủ đô, Pyongyang, vào thứ 7, với tư cách là Phó Chủ tịch thứ nhất Ủy ban Trung ương của Đảng Lao động Triều Tiên, theo kênh truyền hình nhà nước Korean Central Television."[10] Ông đã thay thế hiệu quả em gái của Kim Jong-il là Kim Kyong-hui làm giám đốc Ban Công nghiệp nhẹ của Đảng vào năm 2012 (ông là phó ban từ 1992–1998 và 2010 –2012).

Ông có tiếng là người thân cận với Jang Sung-taek và là một phần trong quá trình chuyển sự chú ý hiện tại của chính phủ sang nền kinh tế tiêu dùng.[11]